Często stosowana na różne schorzenia jak zakażenia układu moczowego, dróg żółciowych, oddechowych, przy salmonellozie, posocznicy, zapaleniu opon mózgowo-rdzeniowych czy durze brzusznym może szkodzić wszystkim tym, którzy chorują na białaczkę limfatyczną, mononukleozę zakaźną, przy niewydolności nerek czy wątroby, ale także – choć rzadziej – przy bólach stawów, żółtaczce czy stanach depresyjnych.
Uczulenie na ampicylinę nie jest do końca wyjaśnione – nie wiadomo czy ma na to wpływ budowa chemiczna, czy raczej powszechne stosowanie tego preparatu, czy też łączy się on ze specjalnymi własnościami – silniejszymi antygenami.
Skryte źródła nie są tak istotne jak w przypadku penicyliny, lecz odczyny krzyżowe między danymi antybiotykami mogą stanowić ogromne niebezpieczeństwo dla chorego. Ampicylina daje odczyny krzyżowe z cefalosporynami (bakteriobójczymi antybiotykami).